A MEKDSZ misszió. Pontosabban missziót végez. Még pontosabban, részt vesz a misszióban. A misszió ugyanis Isten ügye, aki a sötétségből szeretett Fia országába akar bennünket és még nagyon sokakat bevinni. Isten olyan embereken keresztül végzi ezt a missziót, akiket elhívott magának, őket pedig úgy hívta el, hogy korábban nekik is emberek mondták el az Isten országáról szóló örömhírt. És természetesen ők is másoktól hallották azt. Ha eléggé visszamegyünk az időben, eljutunk Krisztus első századi apostolaiig, akik szemtanúi voltak feltámadásának. Az első és huszonegyedik századi üzenet közötti azonosságról az újszövetségi iratokból győződhetünk meg - például János evangéliumából (l. vagyOK).

A MEKDSZ ebben a misszióban vesz részt, a vagyOK program ennek a missziónak egyik megvalósulási formája. Az a meggyőződés áll mögötte, hogy Krisztus országa létezik, az emberiség Isten nélkül sötétségben van, de aki hisz és Jézus követője lesz, a Szentlélek ereje által a sötétségből átjut ebbe az országba és örök életet nyer. 

A MEKDSZ missziója nem különbözik a keresztény egyházak missziójától, inkább a gyülekezetek kinyújtott karjaként működik. A különböző felekezetekből és gyülekezetekből az egyetemeken és főiskolákon tanuló diákokat fogja össze a misszió ügye érdekében, majd visszaküldi őket gyülekezeteikbe és felekezeteikbe – reménység szerint már nem egyedül, hanem azokkal együtt, akik hittek nekik, és maguk is Jézus követőivé lettek.

A MEKDSZ akkor tölti be célját, ha teljes erővel a misszió ügyét szolgálja.